Habitada até o século XVIII por indios da tribo Tupi Guarani, passou a ser povoada por vicentistas e portugueses que, em 1.759, solicitaram à Cúria do Rio de Janeiro a construção de uma capela em honra a São João Batista no local denominado Itaporoia, que na lingua guarani significa “muro de pedra” A capela tornou-se o centro do povoado e das atividades economicas, sobretudo após a instalação da ramação baleeira e a vinda dos açorianos em 1.778.

O assentamento da armação, destinado à pesca da baleia e seu beneficiamento, na enseada de Itapocoroi, local de aguas calmas e protegidas do vento sul, foi estratégia dos contratadores das armações após a ocupação da Ilha de Santa Catarina pelos espanhois em 1.777, que paralisou momentaneamente, as atividades nas armações da Piedade e da Lagoinha, e colaborou para o deslocamento de grupos de açorianos fixados naquela Ilha.

Aterior à decadencia da pesca da baleia e à extinção dos contratos de exploração, iniciou-se por volta de 1825, na extremidade do norte de Itapocoroy, a construção de uma capela dedicada a Nossa Senhora da Penha. Construía-se ali o arraial de Penha com uma população de 1.675 moradores, que tinha como base economica a lavoura de mandioca, cana-de-açucar, milho, café, feijão, entre outros, além de engenhos para produção de farinha, açucar e alambique de aguardente.

Com influencia considerável na politica provincial, em 23 de março de 1839 o arraial de Nossa Senhora da Penha do Itapocoroy foi elavado freguesia. Em 22 de novembro de 1900, tornou-se um Distrito Policial e, em 21 de junho de 1958, por meio da Lei estadual nº 348, foi elavado a categoria de município.

Desde então Penha vem se tornando um marco na historia. composto por dezenove belas praias, o municipio está localizado às margens da Rodovia BR 101 e muito próximos da BR 470. Sedia o melhor parque temático da América Latina, o Beto Carrero World, que atrai anualmente quase 3 milhões de visitantes.